會議分兩個階段進行。第一階段是11月21日的集體學習研討，會議認真學習了中央領導同志關于科學發展和科技創新問題的一系列重要論述，邀請國家能源局副局長趙小平同志、農業部副部長牛盾同志分別作了關于我國能源形勢和我國農村發展形勢的專題報告。全國人大常委會副委員長、中國科學院院長路甬祥以“推動科技創新、支持科學發展，促進科學前瞻、迎接未來挑戰”為題，做了關于學習實踐科學發展觀的體會和思考的學習講話。
會議的第二階段于12月20日至12月23日舉行，內容是專題工作研討。會議審議了中國科學院副院長江綿恒所作的“中科院在上海地區的整體發展戰略”的報告，副院長李家洋、李靜海、詹文龍、陰和俊、丁仲禮同志分別所作的基礎、高技術、可持續發展片創新基地重大戰略部署、重大項目和重大行動計劃案例的報告，院黨組副書記方新所作的“關于加強黨的建設和領導班子建設”的報告，會議還審議了2009年院工作會議主報告方案、院“十二五”規劃制訂工作方案、院科技支撐平臺及支撐隊伍建設方案。這些報告既有前瞻的戰略思考，包括對當前形勢和國家戰略需求的深入分析，對世界科技發展前沿和態勢的深入研究與思考，對中科院優勢、特色與不足的深入調研和剖析，也有切合實際的實施方案，內容豐富，視野開闊，思路清晰，目標明確，體現了解放思想、求真務實、科學發展、改革創新的精神，貫徹了“推動科技創新、促進科學發展”的總體要求。
路甬祥在大會總結時指出，通過學習和研討，本次會議在一些重要思想認識問題上達成了高度共識，可以概括為“三個深化”。
一是深化了對科學發展觀的認識，增強了科學發展的自覺性、堅定性。中國科學院科技發展必須以科學發展觀為指針，堅持發展這個第一要務，著力加強原始科學創新、關鍵核心技術創新與系統集成、引進消化吸收再創新能力，創新體制、機制、管理和文化，建設符合科技發展規律要求、與經濟社會的科學發展的需求相適應的創新體系。
二是深化了對中科院發展環境的認識，增強了改革發展創新的緊迫感、責任感、使命感。作為國家戰略科技力量，中國科學院必須始終站在國家和人民根本利益的高度，把國家現實和長遠需求放在科技創新活動的突出位置，緊緊抓住為國家經濟社會發展服務這一中心任務，在國家和人民需要的關鍵時期發揮重要作用，不斷為國家經濟社會發展和國家安全提供有力的科技支撐，努力實現胡錦濤總書記在中國科協成立50周年大會上所要求的“勇敢擔負起提高自主創新能力、建設創新型國家的戰略任務和歷史使命，集中力量在解決制約經濟社會發展的重大科技問題、關系國民經濟命脈和國家安全的關鍵領域取得突破，努力掌握關鍵技術和共性技術、解決重大公益性科技問題”。
三是深化了對院情的認識，進一步明確了發展目標和努力方向。經過知識創新工程10年的努力，中國科學院實現了歷史性跨越，站在了新的發展起點上。當前中科院處在最好的發展時期，各項事業蓬勃發展。中科院要以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹落實科學發展觀，進一步解放思想，深化改革，創新體制機制和管理，進一步明晰中科院戰略定位和使命責任，堅持科學發展、著力實現“九個轉變”，認知科學規律、推動科學原創，支撐科學發展、迎接新科技革命的挑戰，堅持統籌協調、處理好關系全局的八個重大關系，加強領導班子和干部隊伍建設，深入推進知識創新工程，努力建設“三個基地”、創建“四個一流”，建設改革創新和諧奮進的中國科學院，為促進我國經濟社會的科學發展、建設創新型國家提供堅強有力的科技支撐。
路甬祥要求，當前和今后一個時期，要重點抓好以下三個方面的工作：
1、扎實推進深入學習實踐科學發展觀活動
當前，中科院深入學習實踐科學發展觀活動已經進入分析檢查階段。要重在分析問題，重在總結經驗，明確努力方向，對過去發展中存在的問題要歷史地、客觀地、辯證地看待，重在吸取經驗教訓。要在分析檢查報告的基礎上制定整改落實方案，把分析檢查報告提出的思路、措施具體化，按解決問題和完善制度的輕重緩急和難易程度，分別提出整改落實的目標、方式和時限要求，把責任落實到分管領導、分管部門。選準突破口和切入點，集中解決突出問題。分清學習實踐活動期間能立即解決的問題、近期內通過努力能解決的問題、以及事關全局必須通過長期努力才能夠解決的問題。要集中精力，整合資源，積極探索上下聯動、左右互動等解決問題的有效方式，多為職工群眾辦看得見、摸得著、促進科學發展的實事，切實取得