路甬祥說：建設改革創新和諧奮進中國科學院，是中科院發展理念與發展目標上的新的提升與發展。是中科院黨組站在時代和歷史的高度，因應國際國內環境的變化和國家發展的戰略需要，及時應對出現的新挑戰，敏銳把握發展的新機遇，所提出的重大戰略任務，做出的重要決策，是中科院貫徹落實科學發展觀、構建社會主義和諧社會重大戰略任務的具體體現，是實現中科院創新跨越持續發展的迫切要求。建設改革創新和諧奮進中國科學院6個方面的目標任務是一個有機統一的整體，缺一不可，其中“布局合理”是前提和基礎，“四個一流”是出發點和落腳點，“和諧有序”既是目標也是保證，“競爭向上”是基本要求，“開放合作”是必由之路，“引領發展”是重要責任。“改革創新和諧奮進”是對中科院“三個基地”、“四個一流”發展目標的繼承和發展，是中科院發展理念與發展目標上的新的提升與發展，使中科院未來發展圖景更加清晰、完整和鼓舞人心，將極大地激勵全院職工奮發努力，實現中科院更好更快地發展。
在談到對促進創新友好型社會建設的思考時，路甬祥說：我們要建設的創新友好型社會，應當是自主創新能力不斷提升的社會。我們要建設的創新友好型社會，應當是國家創新體系高效運行的社會。我們要建設的創新友好型社會，應當是擁有創新友好市場的社會。建設創新友好型社會也是全面貫徹落實科學發展觀、構建社會主義和諧社會的必然要求，也對中科院發展提出了新課題，我們應當在建設改革創新和諧奮進中國科學院的過程中，深入思考，積極探索，在建設創新友好型社會中積極發揮引領和帶動作用。
在談到中科院要牢固樹立引領發展的理念時，路甬祥說：作為國家戰略科技力量，中科院要牢固樹立引領發展的理念，率先實現科技創新的跨越發展，使我國科學技術真正走在前面，有效支撐創新型國家和社會主義和諧社會建設，成為引領中國經濟社會發展的主導力量。中科院要率先實現跨越，引領我國經濟社會發展。要科學謀劃未來，為我國和中科院的長遠發展奠定基礎。要推動科學傳播，實現科技創新活動的科學人文效益。
在談到遵循規律深化改革時，路甬祥說：要深刻認識科學發展觀，以科學發展觀指導中科院科技創新工作。要深刻認識科技創新的動力，科學規劃和奮力有效推進中科院科技創新工作。要深刻認識人才成長的規律，建設一支結構合理、充滿活力的創新隊伍。要從人才成長規律出發，堅持以人為本，堅持黨管人才，堅持德才兼備的人才觀，堅持優秀科技人才的價值標準。要深刻認識競爭合作發展的規律，堅持競爭擇優加快發展。
路甬祥重點談了科技界廣泛關注的科技評價問題。他說：從國際科技評價發展的趨勢看，科技評價已從傳統的單一產出評價，拓展到科技規劃、科技投入、組織實施、科技產出及其后效等科技活動各個環節，更加強調及人評價。創新三期乃至更長的一個時期，中科院要著力構建明確導向、有效激勵、分類評價、分級管理的評估體系，開展分層次、有重點的科技評價工作，一是支撐院戰略管理的科技評價，其重點是院發展態勢分析、科技布局評估、規劃與政策執行評估、科技創新基地評估等。
二是促進研究所競爭發展的科技評價，其重點是研究所綜合質量評估、研究所創新能力監測、研究所投入產出分析等。三是體現院政策導向的專項科技評價，其重點是項目評估、人才評估、實驗室評估及其他政策導向評估等。從而，形成我院基于院所兩級體制、體現和諧理念、激勵競爭合作與創新發展、多信號反饋的科技評估模式。
對大力加強作風建設問題，路甬祥強調了要端正科學理念和規范科研行為。他說：崇高的理念、科學的精神才能導致崇高的創新行為，導致杰出的科技創新成就和對人類社會的卓越貢獻。當前社會上實際存在的浮躁之風和科學不端行為，追根溯源都是由于科學價值、科學精神的曲解和缺失，導致道德準則和社會責任的失落。當代科學技術滲透并影響人類社會生活的方方面面，要求科學工作者必須更加自覺地規范科學行為，遵守人類社會的基本倫理，珍惜與尊重自然和生命，尊重人的價值和尊嚴，規避科學技術的負面影響，并努力為公眾理解科學作出貢獻。最近，中科院在廣泛深入調研和征求意見的基礎上，認真研究國內外有關制度、辦法、規定，結合中科院實際，制定了《中國科學院關于加強科研行為規范建設的意見》。這對于保持我院良好的科研秩序和學風，保證科研工作的科<